آثار علامه طباطبایی (به استثنای تفسیر المیزان ) را می توان به دو بخش تقسیم کرد:
الف- کتاب هایی که به زبان عربی نگاشته شده اند.
این کتاب ها عبارتند از:

1- کتاب توحید که شامل 3 رساله است:

• رساله در توحید
• رساله در اسماء الله
• رساله در افعال الله

2- کتاب انسان که شامل 3 رساله است:

• الانسان قبل الدنیا
• الانسان فی الدنیا
• الانسان بعد الدنیا

3- رساله وسائط که البته همگی این رساله ها در یک مجلد جمع آوری شده و به نام هفت رساله معروف است.
4- رسالة الولایه
5- رساله النبوة و الامامه

ب- کتاب هایی که به زبان فارسی نگاشته شده اند:
6- شیعه در اسلام
7- قرآن در اسلام (به بحث درباره مباحث قرآنی از جمله نزول قرآن، آیات محکم و متشابه
ناسخ و منسوخ و ... پرداخته است.)
8- وحی یا شعور مرموز
9- اسلام و انسان معاصر
10- حکومت در اسلام
11- سنن النبی (درباره سیره و خلق و خوی پیامبر اسلام در بخش های مختلف زندگی فردی و اجتماعی ایشان است.)
12- اصول فلسفه و روش رئالیسم (در مورد مبانی فلسفی اسلامی و نیز نقد اصول مکتب ماتریالیسم دیالکتیک است.
13- بدایة الحکمة
14- نهایة الحکمة
(این دو کتاب از متون درسی فلسفی بسیار مهم حوزه و دانشگاه محسوب می شود.)
15- علی و فلسفه الهی
16- خلاصه تعالیم اسلام
17- رساله در حکومت اسلامی